故事讲述住在冲绳离岛上的桥本骏(村田 配音)，结识了失去父母的孤独高中生知花实央(松冈 配音)，两位少年成了好友。实央为了快点成长为大人，决定离开本岛，两人渐渐断了联系。3年后，实央却再次出现在骏的面前，还大胆告白。

在人类和人造人共存的世界——人造人少女 Ruge 与搭档 Naomi 一起，在火星上执行某项任务。任务内容是，“消灭与政府敌对的 9 名人造人”。人造人少女 Ruge 的战斗故事由此展开——